La utilización de nitrogeno líquido en SMS, se hace necesaria con dos fines, el primero es conseguir bajar la presión en el interior de las cámaras. Para ello SMS dispone de dos bombas criogenicas "fingers cools", y de un criopanel. En el criopanel se hace circular nitrogeno, sin embargo en las bombas criogenicas se rellena el deposito en función de su evaporación. Tambien se utiliza nitrógeno líquido para refrigerar el portamuestras, aunque tambien se puede hacer circular nitrogeno gas refrigerado mediante un intercambiador refrigerado por nitrogeno líquido.