SMS requiere de un sistema de refrigeración mediante circulación de agua fría. Este circuito tiene por objeto refrigerar la fuente de rayos X (cábeza y ánodo), así como la bombas Turbo moleculares, y ocasionalmente podría servir para el Cryopanel de la bomba iónica. Para refrigerar la fuente de rayos X, necesitamos de agua desionizada o agua normal, tratada electroquimicamente, para evitar el aumento de su conductividad y el deterioro de contaminantes orgánicos. Para el resto (bombas y criopanel), el único requisito es el de garantizar un flujo de agua mínimo.