Consiste en bombardear a la muestra con iones de un número atómico grande y que sean neutros electroquimicamente (iones de gases nobles), para ello SMS cuenta con una fuente de iones. En el proceso de bombardeo selecccionamos, ademas de la fuente (gas), la energía de estos iones, con lo que podremos determinar la corriente efectiva que le estamos haciendo llegar. Al finalizar el proceso que puede ser desde 10´ a 1h, dependiendo de que es lo que se quiera limpiar, tendremos una muestra limpia de contaminantes en su superficie, pero desordenada, ya que habremos causado deformaciones en la estructura superficial de la muestra.

La manera de ordenar el cristal, se consigue calentando la muestra a alta temperatura (depende de cada muestra), y dejandola enfriar en un proceso cuasi-estático (que decrezca su temperatura de forma suave). En este proceso lo que habremos conseguido, es que los átomos que están en la superficie, se ordenen en su configuración más estable de mínima energía. Con el proceso de calentamiento los átomos de la red se habran movido y con el proceso de enfriamiento se habran relajado, opteniendo posiciones mas faborables energeticamente entre ellos.