El sistema de gases y bombeo diferencial de SMS, tiene dos usos claramente diferenciados. El primero es el de dotar de un sistema de vacío y de conductos adecuados para hacer llegar (Argón y Helio), a las fuentes de Iones y a la lámpara de descarga ultravioleta. El otro caso es el de crear un vacío diferencial haciendo uso de la bomba turbo de la cámara de introducción de muestras y de una bomba DryScroll.