Las válvulas de paso, o de cierre en guillotina, son muy importantes en las cámaras de vacío, ya que permiten aislar diferentes partes de la misma, y abren el paso de barras de transferencia como, por ejemplo, cuando se quiere introducir una muestra desde una pre-cámara a una cámara de medida. Normalmente estas válvulas son todas de junta tipo CF, es decir están preparadas para aplicaciones de UHV, y con diámetros iguales o superiores a DN40CF, por lo que la conductividad en ellas no supone ningún problema a la hora de diseñar la velocidad de bombeo para un sistema. En algunas aplicaciones concretas estas válvulas sirven para regular conductancias, en casos en los que los ratios de fugas son importantes y se dispone de bombas turbo moleculares con una gran velocidad de bombeo. Para este tipo de aplicaciones y para dejar compartimentos estancos en caso de seguridad como por ejemplo por caída de tensión en la alimentación de las bombas de vacío, se utilizan actuadores neumáticos que entran en funcionamiento mediante controles electrónicos o bien mediante una señal piloto proveniente de la electrónica de las bombas, que nos dice el estado o revoluciones de la misma, actuando o cerrando solo en el caso de que las revoluciones bajen  a un nivel crítico ajustable manualmente.

En las aplicaciones más comunes en el laboratorio, tenemos válvulas de guillotina de distintos diámetros y rangos de vacío. Los diámetros son importantes desde el punto de vista físico, ya que la presión atmosférica que actúa sobre la válvula, ejerce una presión, que actúa directamente sobre el elemento de cierre. Esta presión, ha de repartirse homogéneamente cuando la válvula está cerrada, para asegurar la estanqueidad, por lo que se diseñan las válvulas para un diferencial de presión máximo de 1,1bar. Otro elemento importante y de destacar es que el diseño interior de los elementos de cierre de las válvulas ha de permitir, que no se queden elementos cerrados de aire, es decir que no lleguen a producirse fugas virtuales.

Las válvulas de UHV, de diámetro pequeño, como DN40CF, ejercen la presión de la puerta de vacío directamente desde la manivela de actuación. Es decir, no es necesario multiplicar el valor de la fuerza, para poder contrarrestar el valor diferencial de la presión. La puerta se desliza sobre un canal, que termina con una junta tipo vitón, que es presionada desde el propio manipulador.

Las válvulas de HV o alto vacío, cuentan en principio con un sistema de bolas metálicas y cierres con ballesta, pero son menos exigentes, en cuanto a la mecánica exigida y a los materiales necesarios, ya que el ratio de fugas es mucho mayor, por lo que se puede reducir el volumen de la válvula empleando soluciones mecánicas menos costosas. Utilizamos válvulas de HV de guillotina para comunicar la CA con la CP y para separar la bomba turbo en la configuración de PPC y aislar también la cámara de video y la fuente UV de deuterio en los experimentos con deposición de polvo.